Лаборатория географии и генезиса почв является одной из старейших в Институте. Она была организована еще до основания Института почвоведения и агрохимии в системе СО РАН СССР при отделе почвоведения Биологического института. С 1958 г. Лабораторией заведовал д.с-х.н., профессор Роман Викторович Ковалев, будущий организатор и первый директор Института почвоведения и агрохимии. В течение 18 лет он возглавлял Институт одновременно заведуя лабораторией географии и генезиса почв. С 1987 г по 2005 год лабораторией заведовал второй директор Института чл.-корр. АН Ильяс Мамедович Гаджиев. С 2006 г. по настоящее время лабораторией заведует к.б.н. Борис Анатольевич Смоленцев.

Лаборатория биогеоценологии была создана в  1968 году как одно из базовых научных подразделений Института.